Nos informa Lyell que hasta el siglo XVI los fenómenos geológicos no atrajeron la atención de las naciones cristianas. Vamos a ver que a partir de ese momento, la Geología está dominada por 4 naciones europeas: Italia (siglos XVI y XVII), Reino Unido (Escocia e Inglaterra, XVIII y XIX), Alemania (XVI a XX, de Agrícola a Wegener, pasando por Werner) y Francia (XVIII y XIX). Sólo hay un científico a destacar en todo este período que no pertenecía a estas 4 naciones, el danés Steno, aunque sus descubrimientos geológicos los llevó a cabo en Florencia, considerado por algunos como el padre de la Geología, por sus estudios de cristalografía, estratigrafía y paleontología.
En el siglo XVI una animada controversia científica estaba teniendo lugar en Italia, Sobre la verdadera naturaleza de los fósiles
Ammonite Pecten (molusco bivalvo)
El celebrado pintor Leonardo da Vinci, que en su juventud había planeado y ejecutado algunos canales navegables en el norte de Italia fue uno de los primeros en aplicar un razonamiento fundado a esta cuestión. Decía que el lodo de los ríos había penetrado en las conchas cuando ellas estaban en el fondo del mar, cerca de la costa. Leonardo se pregunta cómo las estrellas podían (cómo muchos creían entonces) explicar la petrificación de hojas, algas o de cangrejos marinos.
Las excavaciones hechas en Verona en 1517 sacaron a la luz muchas de estas petrificaciones y proporcionaron materia para especular a diversos autores, entre ellos Fracastoro, médico y erudito de Verona, autor del primer libro sobre las enfermedades infecciosas y contagiosas, quien manifestó su opinión de que las conchas fósiles habían pertenecido a animales vivos que habían vivido antiguamente allí.
Demostró con argumentos claros la futilidad de atribuir el origen de las conchas fósiles al diluvio bíblico, como muchos mantenían entonces.
Mattioli y Falopio: el eminente botánico de Siena, Mattioli, ilustrador de Dioscórides,
abrazó la idea de Agricola deque una cierta materia grasa, tras la fermentación por el calor, daría lugar a formas orgánicas fósiles. Sin embargo, Mattioli había llegado a la conclusión, a partir de sus propias observaciones, de que los cuerpos porosos, como huesos y conchas se habrían petrificado al ser permeable a un "jugo lapidificante".
De igual manera, Falopio de Padua, gran anantomista, concibió que las rocas petrificadas se habían generado por fermentación en los huecos donde se encuentran o que habían adquirido en algunos casos sus formas de "movimientos tumultuosos de exhalaciones terrestres. Aunque era, como hemos dicho, un gran anatomista, enseñó que ciertos colmillos de elefante, desenterrrados por entonces en Apulia
eran meras concreciones, yendo más lejos aun, al considerar probable que los vasos del Monte Testaccio (Roma)
eran impresiones naturales estampadas en el suelo.
En el mismo espíritu, Mercati, médico y encargado del Jardín Botánico del vaticano, que publicó en 1574, dibujos fieles de conchas fósiles preservadas por el Papa Sixto V en el museo del Vaticano, expresó la opinión de que eran meras piedras, que habían adquirido su peculiar configuración bajo la influencia de los cuerpos celestes. Olivio de Cremona, que describió los restos fósiles de un rico museo de Verona, estaba satisfecho al considerar que eran meros "entretenimientos de la naturaleza". Estas teorías estaban en consonancia con la Teoría de la Generación Espontánea de Aristóteles, enseñada por entonces en todas las escuelas y que fue apoyada incluso, años después, por Bacon, Descartes y Newton.
Cardano (1552), médico y matemático de Pavía, publicó De subtilitate rerum, correpondiendo a lo que Lyell llama Filosofía Transcendental, en el que cuando trata de las rocas petrificadas, decidió que claramente indicaban la transgresión en épocas anteriores del mar sobre las montañas.
Cesalpino, médico y director del Jardín Botánico de Pisa concibió (1597) que las conchas fósiles habían sido dejadas en la tierra por un mar en retitrada y se habrían concretado en piedra durante la consolidación del suelo. El obispo y experto en derecho canónico Simone Majoli (1597) es mencionado aquí por Lyell como precursor de las teorías sobre el orgen volcánico de los fósiles, después mantenida por personalidades de la talla del científico inglés Robert Hooke, el naturalista Anton Lazzaro Moro o el padre de la Geología, el escocés James Hutton.
El escritor francés Bernard Pallisy, aunque calvinista, mantuvo (1580) en La naturaleza de las aguas que los restos fósiles de moluscos y peces habían pertenecido alguna vez a animales marinos.
El filólogo y estudioso de las obras antiguas de Historia Natural, Fabio Colonna, mantuvo el origen orgánico de los glosopetrae (dientes de tiburón) y Lyell le adjudica el mérito de ser el primero en apuntar que algunos fósiles habían sido moluscos (testáceos dice Lyell) marinos y, en algunos casos, terrestres.
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